Mahasiswa yang belajar di UII tak hanya berasal dari Kota Yogyakarta dan sekitarnya, namun juga berasal dari berbagai daerah di Indonesia dan bahkan dari luar negeri. Pilihan akomodasi yang layak menjadi salah kebutuhan bagi mahasiswa, terutama yang berasal dari luar daerah dan luar negeri, untuk mendapatkan kenyamanan tinggal dan belajar selama kuliah di UII. Sebagai Kota Pendidikan, Yogyakarta menawarkan beragam fasilitas akomodasi yang umumnya mudah diakses di sekitar lokasi kampus.
On-Campus Accommodation
Fasilitas akomodasi yang dimiliki oleh Universitas Islam Indonesia saat ini disediakan bagi mahasiswa penerima beasiswa unggulan Pondok Pesantren UII. Akomodasi kampus (Pondok Pesantren UII) berada di dua lokasi yaitu:
Pondok Pesantren UII (Putra), berlokasi di Jl. Selokan Mataram, Dabag, Condongcatur, Depok, Sleman, Yogyakarta. Pondok ini memiliki 33 kamar yang mampu menampung santri putra hingga 66 orang. Lokasi Pondok Pesantren putra ini berada dekat dengan pusat kota, dengan kisaran jarak 2 km menuju ke Kampus Condongcatur (Fakultas Ekonomi), sekitar 9 km ke Kampus Taman Siswa (Fakultas Hukum), dan kurang lebih 14 km untuk menuju ke Kampus Terpadu.
Pondok Pesantren UII (Putri), berlokasi di Kampus Terpadu UII menjadi satu dengan Asrama Mahasiswa Putri. Tersedia 24 kamar dengan kapasitas mencapai 60 santri putri.
Asrama Mahasiswa, berlokasi di Kampus Terpadu UII dan saat ini digunakan sebagai fasilitas pemondokan untuk pelaksanaan program pesantrenisasi bagi mahasiswa baru, dan kegiatan kemahasiswaan. Asrama mahasiswa UII memiliki jumlah total 48 kamar dengan daya tampung mencapai kurang lebih 300 orang.
Off-Campus Accommodation
Fasilitas akomodasi yang tersedia di sekitar kampus UII sangat banyak dan beragam. Mahasiswa dapat memilih menyewa kamar pondokan (indekos), atau rumah kontrakan dengan beberapa kamar yang dapat disewa bersama dan berbagi biaya (sharing cost).
Untuk mendapatkan informasi tentang akomodasi di sekitar kampus, mahasiswa dapat mengunjungi dan melihat secara langsung berbagai pemondokan (indekost) yang tersedia. Agar lebih memudahkan pencarian informasi, mahasiswa juga dapat memanfaatkan berbagai situs web yang menampung informasi tentang pemondokan mahasiswa di Kota Yogyakarta.