Elemen yang terdapat di dalam logo UII berupa simbol dan warna dijelaskan sebagai berikut:
Gambar: Gambar lambang universitas berwujud perisai yang di dalamnya terdapat
setangkai bunga berpolakan pena, buku, lunas kapal dan bertuliskan Al-Jami’ah Al-Islamiyah Al-Indonesiyah berwarna kuning emas jika warna dasarnya gelap dan berwarna biru jika warna dasarnya terang.
Bentuk: Bentuk perisai melambangkan pertahanan dan ketahanan. Bentuk bunga di tengah yang digayakan (distilisasi) menjadi kubah masjid melambangkan kebudayaan Indonesia yang sesuai dengan ajaran Islam. Bentuk bunga dengan lima mahkota melambangkan Dasar Negara Pancasila dan Rukun Islam. Bentuk melati berkelopak empat dan pada putik sari di atas bunga melambangkan perguruan tinggi atas dasar Catur Dharma. Bentuk yang digayakan (distilisasi) menjadi buku pada kelopak daun tengah melambangkan Kitab Suci Al Qur’an. Bentuk dua penyangga pada kelopak daun yang paling bawah melambangkan Dua Kalimat Syahadat. Bentuk lunas kapal sebagai pintu masjid di bawah kelopak melambangkan unsur budaya Islam.
Warna: Warna biru melambangkan ketegasan dan/atau kewibawaan. Warna kuning emas melambangkan harapan dan/atau pendidikan. Warna putih melambangkan ketulusan, kejujuran, dan ketekunan.